ATOM 설치

1. 필수 라이브러리 다운로드

ATOM 프로그램은 밀도범함수론 코드 SIESTA, abinit, 또는 Quantum Esspresso에 활용할 수 있는 다양한 형식(psf,vps, psml)의 원자 슈도포텐셜(pseudopential) 파일 만들 수 있다. 그 외에도 ATOM을 통해 온-전자(all-electron) 계산, 슈도포텐셜 테스트 등 다양한 계산을 수행할 수 있다.

xmlf90은 Fortran 기반 프로그램에서 XML 형식의 파일을 읽고 쓰기 위한 라이브러리이다. SIESTA 계열 코드에서는 계산 결과나 입력 정보를 XML 형태로 저장하거나 읽어들이는 기능이 사용되는데, 이를 위해 xmlf90 라이브러리가 필요하다.

libGridXC는 격자(grid) 기반에서 교환-상관(exchange-correlation) 에너지와 퍼텐셜을 계산하기 위한 라이브러리이다. 밀도범함수론(DFT) 계산에서 전자 밀도에 대한 교환-상관 항은 수치적 적분을 통해 계산되는데, libGridXC는 이러한 계산을 효율적으로 수행하기 위한 다양한 루틴을 제공한다.

ATOM를 설치하기 앞서 다음과 같은 패키지를 준비해야한다.

xmlf90: https://launchpad.net/xmlf90/+download (1.5.0. 버전)

libGridXC: https://launchpad.net/libgridxc/+download (0.8.5 버전)

리눅스 환경에 다운로드한 후 압축을 풀어주는 명령어는 다음과 같다.

$ wget https://launchpad.net/xmlf90/trunk/1.5/+download/xmlf90-1.5.0.tgz // 1.5.0버전
$ wget https://launchpad.net/libgridxc/trunk/0.8/+download/libgridxc-0.8.5.tgz // 0.8.5버전
$ tar -xvzf xmlf90-1.5.0.tgz
$ tar -xvzf libgridxc-0.8.5.tgz

tar 명령어를 사용할 때에 not in gzip format 에러가 일어나는 경우 아래 명령어를 통해 file이 tgz형식인지 확인한다.

$ file (FileName)

압축을 풀어준 위치에서 다음과 같은 과정을 통해 컴파일을 진행한다.

2. 설치

`xmlf90` 설치:

$ cd xmlf90-1.5.0
$ mkdir Gfortran
$ cd Sys
$ cp gfortran.make ../Gfortran/fortran.mk

gfortran.make 파일이 없는 경우 홈페이지에서 다른 버전의 xmlf90을 다운받는다.

라이브러리를 생성하기 전에 fortran.mk을 (intel의 경우) 다음과 같이 수정해준다.

LDFLAGS=-mkl=cluster
AR=/usr/bin/ar

이후 make명령어로 라이브러리를 빌드해준다.

$ cd ../Gfortran
$ sh ../config.sh
$ make

- [x] xmlf90.mk 생성확인

`libgridxc` 설치:

(설치한 위치로 돌아와서)
$ cd libgridxc-0.8.5
$ mkdir Gfortran
$ cd Gfortran
$ cp ../extra/fortran.mk .

마찬가지로 make를 하기 전 fortran.mk을 다음과 같이 수정해준다.

LDFLAGS=-mkl=cluster
AR=/usr/bin/ar

$ sh ../src/config.sh
$ make clean
$ make

[x] gridxc.mk 생성확인

3. `ATOM` 설치

ATOM를 위한 라이브러리가 준비되었으니 이제 ATOM을 설치한다.
ATOM: https://siesta-project.org/SIESTA_MATERIAL/Pseudos/Code/downloads.html (4.2.7 버전)

$ wget https://siesta-project.org/SIESTA_MATERIAL/Pseudos/Code/atom-4.2.7-100.tgz // 4.2.7버전
$ tar xvzf atom-4.2.7-100.tgz

ATOM도 마찬가지로 컴파일을 해야 한다. 압축을 풀어준 위치에서 컴파일을 진행한다.

`ATOM` 설치:

$ cd atom-4.2.7-100
$ cp arch.make.sample arch.make
$ vi arch.make  # arch.make 파일 편집

arch.make 파일이 열리면 아래 부분에 ROOT를 수정한다. path는 '/' root 부터 절대 경로를 쓰고, 리눅스 명령어 $ pwd 로 절대경로를 확인할 수 있다.

```bash XMLF90_ROOT= <설치한 xmlf90 위치>/xmlf90-1.5.0/Gf

[x] atm 생성확인

이로서, ATOM 프로그램이 준비되었다.

ATOM 설치

Contents

1. 필수 라이브러리 다운로드

2. 설치

xmlf90 설치:

libgridxc 설치:

3. ATOM 설치

ATOM 설치:

`xmlf90` 설치:

`libgridxc` 설치:

3. `ATOM` 설치

`ATOM` 설치: